Năm 1832, Ghazi Mollah chết trong trận Gimry, và Shamil là một trong chỉ hai Murid trốn thoát, nhưng ông bị những vết thương nặng. Ông lẩn trốn và cả người Nga cùng các Murid đều cho là ông đã chết. Khi đã bình phục, ông xuất hiện và tái gia nhập với các murid, dưới sự lãnh đạo của Imam thứ ba, Gamzat-bek. Khi ông này bị Hadji Murad ám hại năm 1834, Shamil thay thế trở thành người lãnh đạo số một của cuộc kháng chiến Caucasian và là Imam thứ ba của Daghestan. Năm 1839 (tháng 6-tháng 8), Shamil và những người lính của mình, 4000 người, phụ nữ và trẻ em, bị bao vây trong pháo đài trên núi Akhoulgo, náu mình trong khúc quanh của Sông Andee Koisou, khoảng mười dặm phía đông Gimry. Cuộc bao vây mang tính sử thi này của cuộc chiến kéo dài tám mươi ngày, với kết quả cuối cùng là thắng lợi của người Nga. Người Nga chịu khoảng 3000 thương vong khi đánh chiếm pháo đài, còn những người nổi dậy hầu như bị tàn sát toàn bộ sau những trận đánh đẫm máu là đặc trưng của cuộc chiến, không hề có sự tha chết. Shamil và một toán nhỏ những đồng sự thân cận, gồm cả một số gia đình đã tìm cách trốn thoát một cách thần kỳ theo các vách núi và xuyên qua vòng vây của người Nga trong những ngày cuối cùng tại Akhoulgo. Sau khi trốn thoát ông một lần nữa tụ tập binh sĩ và chống lại sự chiếm đóng của Nga. Shamil đã thành công trong việc thống nhất nhiều bộ tộc Caucasian, vốn thường tranh cãi lần nhau, trong cuộc chiến chống lại người Nga. Ông sử dụng hiệu quả các chiến thuật chiến tranh du kích và kháng chiến dưới sự lãnh đạo của mình cho tới năm 1859. Ngày 25 tháng 8 năm 1859 Shamil và gia đình mình, với một thoả thuận với Hoàng đế Nga, chấp nhận trở thành những vị khách của Hoàng gia trong vài ngày. Vị hoàng đế rất tôn trọng ông, và các vị Tướng của Sa hoàng cũng bày tỏ sự tôn trọng của mình với Imam